通风管道的设计，需要考虑风机的成本、排气物质的种类、风速、噪音、管道直径、长度、弯曲度、材质等各种因素。需要实验者和设计者紧密地配合，慎重地讨论确定。
通风机的设置位置
1、一般情况应设置在室外。
2、必须在通风柜本体上部装置排气风机时，有如下的制约条件：
A、必须限定排气风机的机种，也就是风机的功率。
B、施行单一管道，即一台通风柜一根管道。如果采用集中管道，一台通风柜工作时，排出的气体有流入其他通风柜的危险。
管道的长度
通风管道越短越好。如果距离长了，污染物堆积泄露的机会也多，而且管道内的阻力也大，要求风机的功率也大，同时容易产生噪音。
管道直径
管道内的风速一般设为5-7m/s。如果风速超过这个数字，将提高噪音，管道静压上升，风机功率提高。因此必须根据排风量选择适当的管道直径。
管道系统 通风柜的管道系统用一台通风机与一台通风柜，用单一管道连接是 的方法。
但是，由于没有那么多的管道空间，选择室外安装的一台通风机处理多台通风柜的排风比较经济等原因，集中管道施工依然很多。这时需要注意以下几点：
1、有机类、无机类、过氧酸类、放射性同位素必须采用各个分离的管道系统而且各自的系统的通风柜不得使用 以外的药品。因为从各个通风柜产生的有害气体若混合到同一管道有产生爆炸的危险。
2、尽量将管道设计在同一层排气。比重大的气体冷却后形成冷凝水有害物有流入后面通风柜的危险。
3、一台通风机连接的通风柜越少越好。
4、通风管道尽可能直立，而且高度越高越好。
5、通风机尽可能安装在管道的末端，屋顶上等处。
6、排风管道的末端应尽量避开补风管道的进气风口，防止排出的有害气体通过通风管道再被送进通风柜。
